1905年、パリ・オペラ座の舞台上。オペラハウスの所有物がオークションにかけられている。 車椅子の老人はその中の一つ、オルゴールに手を止める――。

さかのぼること半世紀、オペラ座の舞台では、オペラ『ハンニバル』のリハーサル中。
しかし華麗な舞台の外では"オペラ座の怪人"の仕業とされる謎めいた事件が続発していた。策を講じない支配人に腹を立てたプリマドンナのカルロッタは、オペラに出演しないと言い出す。

急遽代役に選ばれたのはコーラスガールのクリスティーヌ・ダーエ。
亡き父の贈り物"音楽の天使"にレッスンを受けたという素晴らしい歌声を披露し、舞台は大成功をおさめる。
そんなクリスティーヌをひときわ熱いまなざしで見つめる青年がいた。
ラウル・シャニュイ子爵は、美しく成長した幼なじみのクリスティーヌの楽屋を訪れる。

その夜、クリスティーヌは楽屋から忽然と姿を消した。
クリスティーヌの前に"音楽の天使"が現れ、オペラ座の地下に広がる神秘的な湖を進み、彼の隠れ家へと連れ去ったのだった。

"音楽の天使"を名乗って夜ごと彼女に歌を教えていたのは、愛するクリスティーヌをプリマドンナに仕立て上げ、自分の音楽を歌わせたいと願う"オペラ座の怪人"だったのだ――