1938年、第二次世界大戦直前のオーストリア。修道院で修行中の身であったマリアは歌うことが大好き。いつも院を抜け出しては、近くの山へ歌いに出かけます。
そのため、規律の時間に遅刻をすることもしばしば。先輩の修道女たちを困らせていました。 そんなある日。マリアをずっと見守ってきた修道院長は、トラップ大佐の邸宅へ行って子どもたちの家庭教師になるように勧めます。

妻を亡くし、7人の子供たちを育てていたトラップ大佐。その躾は軍隊式であり、子どもたちは常に笛の音で呼び分けられていました。
遊びも、歌も知らない子どもたち。そんな彼らにマリアは優しく名前で呼びかけ、歌を教えます。子どもたちは戸惑いながらも徐々に心を開き始め、打ち解けるようになるのです。

一方、そんなマリアの教育に対し異を唱え、反発するトラップ大佐。しかし見違えるように明るく成長した子どもの姿を目の当たりにし、自らの過ちに気づきます。
こうして新しい家族の一員としてトラップファミリーに迎えられるようになったマリア。

子どもたちに囲まれて同じ時を過ごすようになった大佐とマリアは次第に惹かれ合うようになります。
トラップ邸にて舞踏会が開かれたある夜、大佐とマリアは手を取り一緒に踊ります。しかしマリアは自らの心の変化に戸惑い、気持ちを告げることなく、静かに立ち去ってしまいました。大佐には上流階級の婚約者がいて、自分が身分違いであることを悟ったのです。

修道院に戻ってきたマリアを、修道院長は静かに諭します。“自分の道は自分で探すように”と。そして、マリアは再び大佐の家へと向かうのです。

マリアとの再会を喜ぶ子どもたち。大佐とマリアは気持ちを確かめ合い、子どもたちや修道女たちに祝福されながら結婚式を挙げます。

しかし、幸せも束の間。オーストリアは、ナチスドイツに併合され、「第三帝国」が成立。反ナチス派の大佐に、軍は召集令状を出します。
愛する家族とともに生きる決心をした大佐は、一家でアルプスを越えスイスへ亡命することを決意するのですが・・・。